Pada 31 Desember 1999, Presiden Gus Dur memberikan rehabilitasi kepada Nurdin AR berdasarkan pertimbangan Mahkamah Agung.
Keputusan itu memulihkan status Nurdin sebagai WNI dan PNS setelah sebelumnya tersangkut kasus subversi.
Peristiwa tersebut menjadi salah satu preseden penting dalam praktik penggunaan hak prerogatif rehabilitasi oleh presiden.***