Kariernya di pemerintahan kemudian berlanjut ketika Nasaruddin Umar dipercaya sebagai Wakil Menteri Agama Republik Indonesia pada periode 2012-2014.
Kini, Nasaruddin Umar dikabarkan masuk radar calon Ketum PBNU menjelang Muktamar ke-35 NU di Jombang.
Kabar pengunduran dirinya dari jabatan Menteri Agama disebut berkaitan dengan ketentuan internal PBNU bagi calon ketua umum yang masih memegang jabatan di pemerintahan.***